Hijo de Marcus Bollius, vice-Kapellmeister de la corte de Hohenzollern en Hechingen. Después de asistir a la Universidad de Dillingen estudió con Jakob Hassler y Christian Erbach y fue luego organista de la corte en Sigmaringen -que también estaba bajo los Hohenzollerns- desde 1613 a 1619 aproximadamente. Hacia 1626 se había trasladado a Maguncia como organista del elector, Arzobispo Johann  Schweikard von Kronberg, un perspicaz protector de la cultura y las artes, y permaneció allí hasta su muerte. Desde 1631 a más tardar fue Kapellmeister así como organista. Era renombrado en su época como compositor, intérprete  y maestro; tuvo varios distinguidos alumnos de órgano.

Edición discográfica de "Repraesentatio harmonica conceptionis et nativitatis Joannis Baptistae" de Daniel Bollius

El "Repraesentatio harmonica conceptionis et nativitatis S Joannis Baptistae", basado en el relato de San Lucas sobre los primeros años de San Juan Bautista, data de entre 1615 y 1625 y es así contemporáneo o anterior a la "Historia de la Resurrección" de Schütz. Fue dedicado en 1626 a Johann Schweikhard, que murió precisamente ese año. Planificado a lo largo de las líneas de las escenas convencionales de la historia de la Pasión, se distingue por interludios para una variedad de instrumentos especificados, por la expresiva, declamatoria naturaleza de la mayoría de los solos, por la caracterización de cada participante en la narrativa y por el tratamiento  homofónico de las 'turbae' (multitudes) y el epílogo para ocho voces. Bollius es uno de los primeros exponentes alemanes del nuevo estilo italiano caracterizado por Monteverdi. Su “Repraesentatio” sobre la concepción y el nacimiento de San Juan Bautista tiene estrechos vínculos con el "Rappresentatione di Anima, et di Corpo" de Emilio de 'Cavalieri, por lo que es único para la Alemania de principios del siglo XVII y el primer oratorio escrito por un compositor alemán.

Las otras obras de Bollius, que también eran de interés histórico por su estilo de oratorio o concertato, incluyen salmos e himnos y diálogos sacros y conciertos; algunas copias manuscritas, que un tiempo se pensaron destruidas durante la Segunda Guerra Mundial, sobreviven. Con excepción de un motete, no se sabe que exista ninguna copia impresa. Algunos ejercicios vocales, impresos en "Musica practica" de Herbst, demuestran el interés de Bollius en el estilo ornamental italiano de cantar; otra evidencia de esto ocurre en tres de las arias en el "Repraesentatio". Bollius es principalmente importante como el compositor de uno de los ejemplos más antiguos (si no el más antiguo) en Alemania de la forma italiana de oratorio.